Справочник по фразеологии - хером перечеркнуть (прост.)

положить конец чему-либо, совершенно покончить с чем-либо. В основе образа внешнее сходство буквы Х ("херъ") с крестом, двумя перекрещивающимися линиями, которыми перечёркивают написанное за ненадобностью (ср. крест поставить, похерить "ликвидировать, уничтожить")